马在田先生1930年10月4日出生于辽宁省法库县，1950年考入东北大学建筑系，1952年经国家选派赴苏联列宁格勒矿业学院留学，转学地球物理勘探，1956年加入中国共产党，1957年毕业并获地球物理勘探工程师学位。回国后，马在田先生先后在石油工业部华北石油会战指挥部、胜利石油管理局、四川石油管理局和石油地球物理勘探局等单位工作，历任华北石油会战指挥部研究队队长、四川石油管理局地质调查处研究队队长、石油地球物理勘探局研究院方法室主任等职。1985年马在田先生调入同济大学任教，1991年当选为中国科学院学部委员（院士）。历任上海市科学技术协会副主席、同济大学图书馆馆长、上海市地球物理学会理事长、同济大学海洋地质国家重点实验室学术委员会主任。
1960年代，马在田先生为我国华北石油勘探发现做出了重要贡献。华北石油勘探会战期间，他提出了有别于发现大庆油田的“解放波形”、“突出标准地震反射层”的地震勘探方法，成为当时华北－渤海湾地区公认的地震勘探标志性成果。1961年，他领导的研究队根据地震构造图确定了胜利油田发现井—华8井，在此基础上又确定了新钻探井位，于1962年9月23日打出了日产千吨级的油井。
1970年代，马在田先生主持我国首个地震勘探数据处理软件系统的研发，打破了西方国家对我国石油勘探技术的封锁，对我国大规模地震勘探新技术研发和先进装备引进工作起到了促进作用。1973年，石油工业部地球物理勘探局成立计算中心，马在田先生担任方法程序室主任，负责领导地震资料处理系统的研发，经过三年多的奋斗，不仅用自主研发出的地震处理系统成功地处理出了第一条国产“争气地震剖面”，而且自主培养了我国第一批石油工业界使用数字电子计算机的地球物理人才，打破了发达国家在大型计算机地震数字处理技术上的封锁，促进了当时“巴黎统筹委员会”对中国在石油勘探高技术方面出口的解禁。
1980年代初期，马在田先生瞄准当时勘探地球物理国际前沿问题，创造性地提出了高阶方程分裂偏移方法，不仅解决了当时地震成像的关键问题，研究成果被国内外石油工业界广泛应用，而且在勘探地球物理界为我国赢得了国际声誉。同时，马在田先生积极推动我国三维地震勘探工作的开展，他的《三维地震勘探》著作是当时系统论述三维地震方法的参考文献。
1980年代中后期，马在田先生转入高等教育战线，调入同济大学海洋与地球科学学院任教，将精力集中到教书育人、学科建设和国家重点实验室建设上。他培养了一百多名研究生，很多已成为高等学校、科研院所以及国内外著名企业的优秀人才。他领导建立了同济大学地球物理学一级学科博士点，推动并形成了产学研结合、多学科交叉融合的科学研究特色，为同济大学海洋与地球科学学院的学科发展做出了不可估量的贡献。马在田先生在同济大学工作生活二十余年，他的身上深深体现了“同济精神”，他为人、为师、为学，也为同济精神注入了新的时代内涵。
马在田先生一生学术成就斐然，获得了多项奖励与荣誉称号。他在地震波成像方面的研究成果受到国际的广泛承认，“高阶方程分裂偏移方法”至今仍以“马氏方法”或“马氏系数”被国际广泛引用。《地震成像技术-有限差分法偏移》专著是国内反射地震学界公认的经典论著。获得过“陈嘉庚地球科学奖“、“国家科技进步二等奖”、“上海市劳动模范”、“上海市科技功臣”、“上海市高教精英”、“全国教育系统劳动模范”、“全国五一劳动奖章”和“全国先进工作者”等荣誉称号。